پیش بینی برهم کنش های پروتئین-پروتئین با استفاده از توالی پروتئین ها و توالی ژنوم مربوطه
thesis
- دانشگاه تربیت معلم - تهران - دانشکده فنی
- author نیلوفر حق جو
- adviser میر محسن پدرام سید امیر مرعشی
- Number of pages: First 15 pages
- publication year 1392
abstract
برهم کنش های پروتئین-پروتئین در بسیاری از فرآیندهای سلولی نقش مهمی ایفا می کنند. بنابراین شناسایی، پیش بینی و تحلیل برهم کنش های پروتئین-پروتئین در حوزه زیست مولکولی مهم می باشد. روش های آزمایشگاهی که به این منظور طراحی گردیده اند بسیار پرهزینه، پر زحمت و وقت گیر می باشند. به همین دلیل نیاز به روش های محاسباتی برای بررسی برهم کنش های پروتئین-پروتئین روزانه افزایش می یابد. از این رو، هدف اصلی این پژوهش پیش بینی برهم کنش های پروتئین-پروتئین با استفاده از ساختار اول پروتئین ها و ژنوم مربوطه می باشد. با استفاده از support vector machine (svm) و ensemble of extreme learning machines (e-elm) ویژگی های عددی مختلفِ توالی پروتئین ها و توالی ژن های کد کننده پروتئین ها بررسی شدند. این ویژگی ها شامل اتو کوواریانس (ac)، ویژگی سه تایی پیوسته (ct) و تفاوت فراوانی جفت کدون ها (ccppi) می باشد. نتایج نشان دادند که ویژگی تفاوت فراوانی جفت کدون ها، که از توالی ژن ها استخراج شده بود، حاوی اطلاعات بیشتری نسبت به بقیه ویژگی ها برای پیش بینی برهم کنش های پروتئین-پروتئین می باشد.
similar resources
آنالیز شبکه برهم کنش پروتئین - پروتئین سلول‌های فیبروبلاست انسانی تیمار شده با الکل اتانول
سابقه و هدف: مطالعات انجام شده نشان می‌دهد که اتانول بیان پروتئین‌ها متعددی را در سلول‌های فیبروبلاست تغییر می‌دهد. تعدادی از این پروتئین‌ها از فاکتورهای مهم در سرطان‌زایی هستند. بنابراین، آنالیز نقش عمل‌کردی و برهم‌کنش این دسته از پروتئین‌ها به منظور شناسایی مکانیسم‌های عمل‌کردی و سرطان‌زایی الکل دارای اهمیت است. مواد و روش‌ها: در این تحقیق با استفاده از نرم‌افزار Cytoscape و الگوریتم‌های وا...
full textپیش بینی فانکشن پروتئین بر اساس داده های توالی
در سال های اخیر پیشرفت های زیادی در شناسایی و تعیین توالی ژن ها و پروتئین ها صورت گرفته است که منجر به حجم زیادی از داده های بیولوژیکی در این زمینه شده است. برای بسیاری از توالی های شناخته شده به عنوان پروتئین، هنوز فانکشن مشخصی معرفی نشده است. روش های آزمایشگاهی تعیین فانکشن، بسیار هزینه بر و وقت گیر است. این موضوع یکی از مهم ترین چالش های بیولوژی مولکولی است. روش های فراوانی برای این کار تاکن...
15 صفحه اولپیش بینی گرمادوست بودن پروتئین براساس ویژگی های توالی اسیدهای آمینه پروتئین
شناسایی ویژگی های بیوترمودینامیکی و ساختاری پروتئین ها که درنهایت منجر به سازگاری آنها با شرایط دمایی متنوع حیات می شود ما را در درک مکانیسم سازگاری دمایی پروتئین ها کمک خواهد کرد. روش های آزمایشگاهی که برای رسیدن به درک مکانیسم سازگاری دمایی پروتئین لازمند اکثرا روش هایی پرهزینه و زمانگیر هستند. در این پژوهش گرما دوست بودن و سرمادوست بودن پروتئین ها را براساس ویژگی های توالی آمینواسیدهای پروتئ...
15 صفحه اولکلونینگ ژن پروتئین F ویروس نیوکاسل و تعیین توالی آن
ویروس عامل بیماری نیوکاسل (NDV) یکی از مهمترین عوامل بیماری های ویروسی طیور می باشد ، که سبب واگیری و مرگ ومیر شدید در طیور و گونه های متعددی از پرندگان می شود.پروتئین F ویروس جهت نفوذ و تکثیر ویروسی در حیوانات آلوده نقش محوری دارد. کلونینگ و بیان ژنوم کد کننده پروتئین F جهت تولید واکسن تحت واحد و همجچنین تولید آنتی بادی مونوکلنال علیه پروتئین F می تواند گتمهای جدیدیبرای شناسایی و پیشگیری از بی...
full textپیش بینی تاخوردگی دامنه پروتئین ها مبتنی بر روش DBSCAN
در این مقاله یک روش طبقه بندی تغییر یافته بر مبنای روش های طبقه بندی بر اساس چگالی برای طبقه بندی تاخوردگی پروتئین ها ارائه شده است که این روش در برابر وجود نویز مقاوم بوده و از سرعت بالایی برخوردار خواهد بود. طبقه بندی پروتئین ها بمنظور پیش بینی عملکرد آنها و شناسایی خواص پروتئین ها یکی از مسائل بزرگ در حوزه طبقه بندی است. با توجه به پیشرفت علم و دستگاه های توالی یابی پروتئین های بسیاری کشف شد...
full textبررسی توالی ژن پروتئین پوششی جدایه‌های ایرانی ویروس ایکس هوستا
در بهار سال 1390 طی بازدیدی از مراکز تولید گیاهان زینتی در شهرستان‌های کرج و تنکابن، تعدادی بوته هوستا (Hosta sieboldiana.) با علائم موزائیک، پیسک و بدشکلی برگ‌ها مشاهده شد. تعداد 17 بوته علائم‌دار انتخاب شد و احتمال آلودگی آنها به ویروس‌های موزائیک آرابیس (Arabis mosaic virus-ArMV)، موزائیک خیار (Cucumber mosaic virus-CMV)، پژمردگی لکه‌ای گوجه‌فرنگی (Tomato spotted wilt virus-TSWV)، لکه نکروز ...
full textMy Resources
document type: thesis
دانشگاه تربیت معلم - تهران - دانشکده فنی
Keywords
Hosted on Doprax cloud platform doprax.com
copyright © 2015-2023